A 206,5 kilométeres táv elején az alábbi szökevénycsoporttal kellett számolni: Truls Korsaeth (Astana), Nelson Oliveira (Movistar), Simone Consonni (UAE Team Emirates), Lukas Spengler (WB Aqua Protect), Damien Gaudin (Direct Energie), Pim Ligthart (Roompot), Jeremy Lecroq (Vital Concept) és Kevin Van Melsen (Wanty-Groupe Gobert). Később ebből a csoportból maradt meg a Gaudin-Ligthart kettős.
A főmezőnyt közben kétszer is bukás szabdalta, valamint egy sorompós incidens is közbejött. A második, komolyabb bukás után többek között az esélyesek közt számon tartott Sep Vanmarcke (Team EF) is leszakadt. A szökevények üldözésében pedig elsősorban Greg van Avermaet (BMC) és Peter Sagan (Bora-hasgrohe) vette ki a részét. No meg a teljes Quick Step Floors csapata.
A Taaienberg emelkedője 72,8 kilométerrel a cél előtt található, a szökevények befogásában ügyködő Quick Step Floors csapatából itt vált ki két versenyző: Yves Lampaert és Niki Terpstra. Néhány kilométer kellett csak hozzá, hogy utolérjék a két maradék szökevényt, majd újfent néhány kilométer, hogy le is rázzák őket magukról.
A két kék mezes üldözésében leginkább Tiesj Benoot (Lotto-Soudal) és Greg van Avermaet (BMC) vette ki a részét, de időnként velük tartott Philippe Gilbert és Zdenek Stybar is, akik értelemszerűen nem befogni akarták csapattársaikat, csak kihasználva a lehetőséget utazni az üldözőkön.
A kettészakadt főmezőny rossz csoportjába került Sep Vanmarcke közben felzárkózott Van Avermaetékhez, ugyanakkor a nagyjából 75-80 kilométerrel a cél előtt még az egyik legagilisebb versenyzőnek mutatkozó Peter Sagan már jóval hátrébb helyezkedett.
Yves Lampaert nagyjából 22 kilométerrel a verseny vége előtt szakadt le, innentől kezdve Niki Terpstra szólóban tekert. Az időkülönbség hosszú ideig 30 és 40 mp körül mozgott. 10 kilométerrel a cél előtt ment csak fél perc alá, de ekkor már egy tucatnyi bringás üldözte Terpstrát. Az utolsó 10 kilométeren belül viszont látványosan csökkenni kezdett a különbség. Leggyakrabban 18-20 mp körüli volt, érződött, hogy Terpstra fárad. Az ezt követő néhány kilométer során volt olyan pillanat, amikor 11 mp-re is csökkent az előny.
A végén azonban Niki Terpsrta kényelmesen ünnepeltethette magát és csapatát a célban, míg második csapattársa, Philippe Gilbert lett Greg van Avermaet előtt.
Ha az E3 Harelbeke elsőség jóslatként működik, akkor a 2014-es Paris-Roubaix győztes joggal reménykedhet egy újabb monumentális egynapos elsőségben.
